Madrasah Tsanawiyah (MTs) merupakan wahana pandidikan yang sederajat dengan SLTP dengan ciri khas Agama Islam.  Madrasah Tsanawiyah keberadaannya telah diakui bersama antara Menteri Pendidikan dan Menteri Agama.

Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kulon Progo dengan Nomor Induk  Madrasah : 211340102002 berstatus Negeri yang eksistensinya berasal dari alih fungsi PGA N 4 tahun Wates Kulon Progo dengan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor : 250 tahun 1969 tanggal 02 Nopember 1969.

Pada awalnya MTs Negeri 1 Kulon Progo masih meneruskan PGAN 4 tahun Wates Kulon Progo yang berlokasi di Gadingan Wates Kulon Progo. Sejak Tahun Pelajaran 1980/1981 dengan terbitnya DIP tahun anggaran 1980/1981, Nomor Kode Proyek 08.14.7110771.25.04.04 atas nama MTs Negeri Wates dan dengan disepakatinya perjanjian Sewa Tanah Kas Desa Wates Nomor : 33/IV/1980 tanggal 16 Juni 1980 MTs Negeri Wates melaksanakan “boyongan pindah tempat” di lokasi tanah sewa seluas 2530 M2 yang terletak di Wonorejo Beji Wates Kulon Progo 55602 dengan Nomor telepon (0274) 773723.

Selanjutnya pada tahun 1984, BP.3 MTs Negeri 1 Kulon Progo berusaha membelikan tanah seluas 543 m2 dan pada tahun 1987 BP.3 berusaha membelikan  tanah lagi seluas 700 m2 dan pada tahun anggaran 1997/1998 MTs Negeri Wates mendapat DIP Pembebasan Tanah seluas 1.755 m2 , pada tahun 2003 seluas 2.735 dan tahun 2004 seluas 2065 m2. Pada tahun 2005 MTs Negeri 1 Kulon Progo membebaskan tanah seluas  3.045 m2. Dengan demikian total tanah yang dimiliki MTs saat ini seluas 10.833 m2. Dari tanah tersebut dimanfaatkan untuk Bangunan seluas 3.343,49 m2. Halaman 2.601 m2, Lapangan Olah Raga 1.262 m2 dan untuk kebun madrasah seluas 3.626,51 m2.